ЦНИ «ИМИСЭ» осуществляет научную деятельность по следующим укрупненным направлениям:
1. Исследование и моделирование динамики инновационного потенциала национальной экономики.
2. Исследования тенденций развития высшего образования.
3. Исследование проблем повышения производительности и результативности труда.
4. Исследование межрегионального взаимодействия и международного партнерства на Юге России и сопредельных территориях в сфере науки, инноваций, образования и молодежной политики, воспитания неприятия идей экстремизма и радикализма.
5. Экономика интеллектуальной собственности.